Графические чипы расшифруют геном человека за 60 секунд?

Ученые из Академгородка в Новосибирске научились расшифровывать геном человека за 20 минут. Планируется, что совершенствованием этой технологии займется малое инновационное предприятие "ГЕОсофтЛАБ". Предприятие создано Новосибирским государственным университетом совместно с Институтом нефтегазовой геологии и геофизики СО РАН и компанией "СофтЛаб-НСК", сообщает Середина общественных связей СО РАН.

Учредители уже наметили строй задач, которые будет находить решение новое предприятие. Как известно, геофизика - крупнейший, если не самый-самый изрядный, потребитель компьютерных ресурсов", - говорит декан факультета информационных технологий НГУ врач физико-математических наук профессор Михаил Лаврентьев. Розыск полезных ископаемых и их извлечение - это сильно здоровенный и нелегкий счет, огромные задачи.

В Новосибирске есть предприятие, которое выпускает зонды для нефтяных скважин, спроектированные в ИНГГ СО РАН. Для обработки полученных данных в институте создано соответствующее программное обеспечение. Но институту не свойственно заниматься продажами, и мы надеемся, что это станет одним из направлений работы созданного предприятия. СофтЛаб-НСК" займется совершенствованием этого продукта, а вуз планирует организацию курсов по владению этим пакетом, требующим профессионального уровня умений.

Позитивный навык в этом направлении позволительно будет распространять и на другие программные решения, пишет портал Сибкрай.ру. В конечном итоге мы планируем создать линейку программных продуктов, которые будут обслуживать уникальные приборы, созданные и создаваемые в нашем институте и производимые научно-производственным предприятием геофизической аппаратуры "Луч".

Как всем понятно, "железо" ничего не стоит без современной интеллектуальной начинки, созданной с использованием информационных технологий", - добавляет заместитель директора по научной работе ИНГГ СО РАН лекарь технических наук Игорь Ельцов. Есть совместные наработки с Институтом цитологии и генетики СО РАН по биоинформатике. В частности, геном одного человека занимает 3,6 Гб памяти, в текущий момент геномов расшифровано очень немало, эту информацию нужно обрабатывать, это невероятно большие расчеты.

Проблема "Поиск мотива в геномной последовательности" считается на персональном компьютере 14 дней, на кластере - сутки, на ПК с использованием возможностей современного графического ускорителя - 9 часов, на ПК со специальным графическим ускорителем - 6,5 часов. Если определить более дорогой кристалл FPGA, больший по размеру, то, по теоретическим прикидкам, процесс сократится до 1 минуты.

Выигрыш в производительности в сравнении с начальными результатами - 20 тысяч раз, что позволяет приниматься за новые классы задач.